1992年，中国微生物学会环境微生物学专业委员会成立，上海的环境微生物工作者于2000年9月依托上海微生物学会成立了微生物学会环境微生物学专业委员会。在学会和专委会的组织和推动下，经过十余年的发展，逐渐形成了一支稳定的从事环境科学和微生物学科研和教学的专业队伍。在人才培养和环境保护的研究和应用领域取得了一系列可喜的成果，为我国的环境保护和生态环境建设做出了贡献。
随着上海经济的发展和转型，对于城市生态建设和环境质量的要求也越来越高。国内外的研究表明，环境微生物及应用技术可为人们解决环境领域遇到的诸多难题提供有力的帮助。环境微生物学在生物修复、污水及固废处理、资源利用等应用方面发挥着巨大的作用，具有巨大的生产潜力：高效微生物技术正成为一项消除水体富营养化、土壤污染修复及海洋油污染的可行技术措施；对于有毒有害工业有机废水和固体废弃物来说，专性降解功能菌的应用更是不可缺少的技术措施。在环境生态保护和资源循环利用方面，无论是菌种库及降解菌剂开发，还是环境微生物工程治理，都充满活力，存在广阔的产业化前景。
上海的环境微生物学科研工作者不仅在环境微生物的机理研究方面取得了重要成果，在高水平权威杂志上发表了一大批研究论文，而且在环境微生物的应用技术及制剂装备生产方面也取得了令国内同行瞩目的成绩。自上海环境微生物专业委员会成立以来，在组织学术交流、开展技术咨询和服务，以及社区服务方面，都进行了卓有成效的工作。在成立之初的2000年，在首任专委会主任史家梁教授的组织下，开展了多项活动，如大专院校和生物环保公司参与的“应用微生物技术处理有机垃圾”学术沙龙、2001年的“微生物技术在水处理中的应用学术交流会”、2002年的“有机厨余垃圾的微生物处理与资源化”等。除了有来自上海多所高校的研究者和企业的技术人员，还有相关环境污染管理和监测部门的领导和专家参会并进行大会发言和讨论。活动为政府有关管理部门就环境管理监测评估方案的制定提供了咨询和决策建议。
2003年上海微生物学会成立五十周年，换届后的上海环境微生物学专业委员更加重视和参与国际国内的合作和交流。环境微生物学专业委员会成员除积极参加每年的全国环境微生物学专业委员会的学术研讨会外，各会员单位邀请国外著名学者来做学术报告已经成为定例，每年邀请报告达到二十余次，其中包括邀请美国国家科学院院士Steve Lindow教授、国际微生物生态学会主席Cohen Yuhuda等。专委会为应对国内外学科发展和需求，积极开展相关培训和学术交流。2004年，随着国际上微生物分子生态学的蓬勃发展，为满足国内研究机构开展微生物分子生态学研究的需要，尽快缩短与发达国家研究水平的差距，专委会协助中国生态学会微生物生态专业委员会和中国微生物学会环境微生物学专业委员会联合主办了“2004年全国微生物分子生态学研究技术培训班”，来自全国高校和科研院所的40名学员参加了在华东师大和上海交大举办的现代分子生态学理论讲座和实验技能，取得了良好的效果。2007年国际微生物生态学会（ISME）和中国微生物学会（CSM）委托上海交通大学于2007年12月13至16日在上海举办了“微生物分子生态学技术亚洲地区讲习班”，环境微生物学专业委员会协办了此次讲习班。这次活动吸引了来自全国各地的40余位从事环境微生物学研究的学员参加，获得了圆满成功，对我国微生物生态学与环境微生物学的发展起到了重要的推动作用。
2012年，为促进上海地区从事环境微生物学研究与应用工作者的交流，增加相互了解和创造合作机会，环境微生物专业委员会主办了2012 “上海环境微生物学”年会。来自上海高校、科研单位和企业的五十名代表参加了在上海医学工业研究院举办的学术会议。会议共收到论文摘要30篇，涉及到环境微生物的基础和应用研究的各个方面，论文摘要编辑成册。来自上海交通大学许平教授和上海医工院胡海峰研究员分别作了“重要杂环污染物微生物分解代谢研究：基础和应用”与“应用于环境净化处理的微生物筛选及其应用研究”的学术报告，华东师范大学、复旦大学、上海师范大学和上海交通大学等单位的专家也做了大会报告。这些报告充分展示了上海市环境微生物学研究的力量的壮大和水平的提升。
此外，在社会服务方面，为上海市中小学微生物兴趣班和青少年科技活动担任辅导专家，进入社区进行科普等，环境微生物专委会老师积极参加，受到各界的好评。
发展环境微生物事业，要靠环境微生物学科的发展，而环境微生物学科的发展，有赖该学科基础的开拓和创新，环境微生物学将在促进人类社会的持续进步中不断得到发展，上海环境微生物学专业委员会全体成员及全体环境微生物工作者对本专业方向发展充满信心！
现任上海微生物学会环境微生物学专业委员会主任委员：谢冰（华东师范大学），副主任委员：张晓君（上海交通大学）；委员：胡海峰（上海医学工业研究院），全哲学（复旦大学），肖明（上海师范大学），乐毅全（同济大学））。